Programme

mercredi 13 septembre 2017

Heures événement  
13:30 - 14:00 Introduction (Villa Méditerranée) - Dominique Joly, Denis Faure, Thierry Heulin  
14:00 - 16:10 Session 1 - Environnements marins (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Patricia Bonin et Matt Schrenk  
14:00 - 14:45 › Functional and Evolutionary Insights from Metagenomic Studies of Deep Subsurface Microbial Communities - Matthew O SCHRENK, Michigan State Univ  
14:45 - 15:05 › Le corail rouge, un modèle d'évolution en environnement hétérogène - Didier Aurelle, Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale  
15:05 - 15:25 › Survey of the green picoalga Bathycoccus genomes in the global ocean - Thomas Vannier, Institut Méditerranéen d'Océanologie  
15:25 - 15:45 › Caractérisation des mécanismes de la dynamique des génomes chez Prochlorococcus - Hélène Gardon, Microorganismes : Génome et Environnement - Clermont Auvergne  
15:45 - 16:05 › Metabarcoding in the deep-sea: assessing multigene and sediment sampling methods. - Miriam Brandt, Ifremer, MARine Biodiversity Exploitation and Conservation  
16:10 - 16:40 Pause café (Villa Méditerranée)  
16:40 - 18:45 Session 1 - Environnements marins (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Patricia Bonin et Matt Schrenk  
16:40 - 17:00 › Population genomics of the Bryozoa Myriapora truncata (Pallas 1766),using a capture sequencing approach. - Aurélien DE JODE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale (Marseille)  
17:00 - 17:20 › Résolution de l'histoire évolutive des bactéries magnétotactiques et des bases génétiques de la magnétotaxie par des approches de génomique comparative et phylogénomique - Caroline Monteil, CNRS/CEA/Aix-Marseille Université, UMR7265 Institut de biosciences et biotechnologies, Laboratoire de Bioénergétique Cellulaire  
17:20 - 17:40 › « Pourquoi Pas les Abysses ? » : sequencing the abysses to re-evaluate the extent of marine biodiversity - Sophie ARNAUD-HAOND, IFREMER- MARine Biodiversity Exploitation and Conservation  
18:00 - 18:45 › Wine microbiome, a dynamic world of microbial interactions - Philippe SCHMITT-KOPPLIN, German Research Center for Environmental Health  
19:00 - 21:00 Cocktail (Villa Méditerranée)  

jeudi 14 septembre 2017

Heures événement  
09:00 - 11:05 Session 2 - Environnements communautaires (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Didier Aurelle et Patrick Wincker  
09:00 - 09:45 › Insights into the genic complexity of the three life kingdoms in the sunlit ocean - Patrick WINCKER, Institut de Génomique  
09:45 - 10:05 › A metagenomic investigation of the "star" freshwater diatom Asterionella formosa and its bacterial cohort - Adrien Villain, Information génomique et structurale  
10:05 - 10:25 › Toward the study of metabolic functions of algal holobiont - Clémence Frioux, Inria Rennes – Bretagne Atlantique  
10:25 - 10:45 › Definition of a bacterial core microbiota for insights into the holobiont of entomopathogenic nematodes - Sophie Gaudriault, Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes  
10:45 - 11:05 › Thermal regime and host clade, rather than biogeography, drive Symbiodinium and bacterial assemblages in the scleractinian coral Pocillopora spp. - Eve Toulza, Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements  
11:05 - 11:40 Pause café (Villa Méditerranée)  
11:40 - 12:40 Session 2 - Environnements communautaires (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Didier Aurelle et Patrick Wincker  
11:40 - 12:00 › A scaling transcriptomic approach to study holobiont data sets - Camille Marchet, GENSCALE  
12:00 - 12:20 › Métagénomique ciblée des communautés microbiennes d'un réseau d'eau potable et influence de paramètres environnementaux - Yoann Perrin, Eau de Paris, Direction de la Recherche et du Développement pour la Qualité de l'Eau, Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, UMR CNRS 7267, Université de Poitiers, Poitiers, France  
12:20 - 12:40 › Diversity and composition of arthropod pests' viral communities, and insights about their distribution in arthropod communities - Sarah Francois, Diversité, génomes et Interactions Microorganismes – Insectes (UMR 1333 - INRA), Université de Montpellier, Place Eugène Bataillon, 34090 Montpellier, France  
12:45 - 14:00 Déjeuner (Villa Méditerranée)  
14:00 - 15:50 Session 3 - Adaptation, interactions, microbiote (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Alex Baumel et Fabrice Roux  
14:00 - 14:45 › A genomic map of local adaptation to microbiota and potential pathobiota in Arabidopsis thaliana - Fabrice Roux, LIPM  
14:45 - 15:05 › Plant nutrient resource-use strategies shapes active rhizospheric microbiota through root exudation - Martin Guillemet, Ecologie microbienne  
15:05 - 15:25 › Genomic, metabolic and in planta transcriptomic comparison of the potato soft rot enteropathogens Dickeya solani and Dickeya dianthicola - Frédérique Van Gijsegem, Institute of Ecology and Environmental Sciences  
15:25 - 15:50 › Toward a better understanding of the plant microbiota - Marie Chevallier, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes], Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires  
15:50 - 17:00 Session posters (Villa Méditerranée)  
17:00 - 18:00 Session 3 - Adaptation, interactions, microbiote (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Alex Baumel et Fabrice Roux  
17:00 - 17:20 › Does environmental heterogeneity drive bacterial interactions network on a wide spatial scale? - Battle Karimi, UMR 1347 Agroécologie  
17:20 - 17:40 › Safer by design nanomaterials through environmental genomics (metabarcoding) and metabolomics - Catherine Santaella, Laboratoire d'Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et d'Environnements extrêmes, international Consortium for the Environmental Implication of Nanotechnology  
17:40 - 18:00 › Distribution spatiale et déterminisme de la diversité microbienne à l'échelle de la France par application des techniques metagénomique ciblée sur les sols du RMQS - Sébastien Terrat, UMR 1347 Agroécologie  

vendredi 15 septembre 2017

Heures événement  
08:45 - 10:30 Session 4 - Processus moléculaires (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Wafa Achouak et Jim Prosser  
08:45 - 09:30 › Molecular analysis of ammonia oxidisers: enlightenment or entanglement - Jim PROSSER, University of Aberdeen  
09:30 - 09:50 › Soil microorganisms as sink for atmospheric chloromethane - Françoise Bringel, Génétique moléculaire, génomique, microbiologie  
09:50 - 10:10 › Insights into uranium tolerance of Microbacterium oleivorans A9 by proteogenomic analyses - Virginie Chapon, CEA/DRF/BIAM/LIPM  
10:10 - 10:30 › Insights into the lignocellulose degradation from the woodlice holobiont - Marius Bredon, UMR7267, Ecologie et Biologie des Interactions  
10:30 - 11:00 Pause café, fin du vote pour le prix du meilleur poster (Villa Méditerranée)  
11:00 - 13:05 Session 4 - Processus moléculaires (Villa Méditerranée) - Modérateurs : Wafa Achouak et Jim Prosser  
11:00 - 11:20 › Molecular determinism of ecological adaptation and speciation in two strains of the Lepidoptera Spodoptera frugiperda - Emmanuelle d'Alençon, Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier]  
11:20 - 11:40 › The genomic impact of hybridization with massive mitochondrial introgression in hares - Pierre Boursot, Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier  
11:40 - 12:00 › Deciphering the adhesion of tube-building Polychaetes using transcriptomic and proteomic approaches - Jean-Philippe Buffet, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques  
12:00 - 12:20 › Environmental metabarcoding as a tool to reveals structure and composition of microbial communities on anthropogenic soil - Julie FOULON, Institut méditerranéen de biodiversité et d\'écologie marine et continentale  
12:30 - 13:15 › Giant viruses in the environment - Chantal Abergel, CNRS  
13:15 - 13:20 Remise du prix du meilleur poster et discours de clôture (Villa Méditerranée)  
13:20 - 14:00 Rafraichissements (Villa Méditerranée)  
  
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