4ème colloque de Génomique Environnementale

›9:00 (2h05)

Session 2 - Environnements communautaires
Modérateurs : Didier Aurelle et Patrick Wincker

› Villa Méditerranée

9:00 - 11:05 (2h05)

Session 2 - Environnements communautaires

Villa Méditerranée

Modérateurs : Didier Aurelle et Patrick Wincker

› Insights into the genic complexity of the three life kingdoms in the sunlit ocean - Patrick WINCKER, Institut de Génomique 09:00-09:45 (45min)

› A metagenomic investigation of the "star" freshwater diatom Asterionella formosa and its bacterial cohort - Adrien Villain, Information génomique et structurale 09:45-10:05 (20min)

› Toward the study of metabolic functions of algal holobiont - Clémence Frioux, Inria Rennes – Bretagne Atlantique 10:05-10:25 (20min)

› Definition of a bacterial core microbiota for insights into the holobiont of entomopathogenic nematodes - Sophie Gaudriault, Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes 10:25-10:45 (20min)

› Thermal regime and host clade, rather than biogeography, drive Symbiodinium and bacterial assemblages in the scleractinian coral Pocillopora spp. - Eve Toulza, Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements 10:45-11:05 (20min)

›11:05 (35min)

Pause café

› Villa Méditerranée

11:05 - 11:40 (35min)

Pause café

Villa Méditerranée

›11:40 (1h)

Session 2 - Environnements communautaires
Modérateurs : Didier Aurelle et Patrick Wincker

› Villa Méditerranée

11:40 - 12:40 (1h)

Session 2 - Environnements communautaires

Villa Méditerranée

Modérateurs : Didier Aurelle et Patrick Wincker

› A scaling transcriptomic approach to study holobiont data sets - Camille Marchet, GENSCALE 11:40-12:00 (20min)

› Métagénomique ciblée des communautés microbiennes d'un réseau d'eau potable et influence de paramètres environnementaux - Yoann Perrin, Eau de Paris, Direction de la Recherche et du Développement pour la Qualité de l'Eau, Laboratoire Ecologie et Biologie des Interactions, UMR CNRS 7267, Université de Poitiers, Poitiers, France 12:00-12:20 (20min)

› Diversity and composition of arthropod pests' viral communities, and insights about their distribution in arthropod communities - Sarah Francois, Diversité, génomes et Interactions Microorganismes – Insectes (UMR 1333 - INRA), Université de Montpellier, Place Eugène Bataillon, 34090 Montpellier, France 12:20-12:40 (20min)

›12:45 (1h15)

Déjeuner

› Villa Méditerranée

12:45 - 14:00 (1h15)

Déjeuner

Villa Méditerranée

›14:00 (1h50)

Session 3 - Adaptation, interactions, microbiote
Modérateurs : Alex Baumel et Fabrice Roux

› Villa Méditerranée

14:00 - 15:50 (1h50)

Session 3 - Adaptation, interactions, microbiote

Villa Méditerranée

Modérateurs : Alex Baumel et Fabrice Roux

› A genomic map of local adaptation to microbiota and potential pathobiota in Arabidopsis thaliana - Fabrice Roux, LIPM 14:00-14:45 (45min)

› Plant nutrient resource-use strategies shapes active rhizospheric microbiota through root exudation - Martin Guillemet, Ecologie microbienne 14:45-15:05 (20min)

› Genomic, metabolic and in planta transcriptomic comparison of the potato soft rot enteropathogens Dickeya solani and Dickeya dianthicola - Frédérique Van Gijsegem, Institute of Ecology and Environmental Sciences 15:05-15:25 (20min)

› Toward a better understanding of the plant microbiota - Marie Chevallier, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes], Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires 15:25-15:50 (25min)

›15:50 (1h10)

Session posters

› Villa Méditerranée

15:50 - 17:00 (1h10)

Session posters

Villa Méditerranée

›17:00 (1h)

Session 3 - Adaptation, interactions, microbiote
Modérateurs : Alex Baumel et Fabrice Roux

› Villa Méditerranée

17:00 - 18:00 (1h)

Session 3 - Adaptation, interactions, microbiote

Villa Méditerranée

Modérateurs : Alex Baumel et Fabrice Roux

› Does environmental heterogeneity drive bacterial interactions network on a wide spatial scale? - Battle Karimi, UMR 1347 Agroécologie 17:00-17:20 (20min)

› Safer by design nanomaterials through environmental genomics (metabarcoding) and metabolomics - Catherine Santaella, Laboratoire d'Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et d'Environnements extrêmes, international Consortium for the Environmental Implication of Nanotechnology 17:20-17:40 (20min)

› Distribution spatiale et déterminisme de la diversité microbienne à l'échelle de la France par application des techniques metagénomique ciblée sur les sols du RMQS - Sébastien Terrat, UMR 1347 Agroécologie 17:40-18:00 (20min)